La causa más común del porque les da reflujo a los bebés es el mal funcionamiento de una banda de fibras musculares llamada esfínter esofágico inferior ubicado en la unión del esófago y el estómago:
- El esfínter normalmente se abre para permitir el paso de los alimentos, y luego se cierra de inmediato para evitar que el alimento se devuelva.
- Si el esfínter no funciona bien, sea por inmadurez o porque permanece sin tensión, o si se relaja periódicamente, los alimentos y el ácido gástrico pueden devolverse hacia el esófago.

El reflujo puede darse en cualquier edad, pero es mucho más frecuente en lactantes y en niños menores de un año. Cerca del 80% de los recién nacidos que cursan su primera y segunda semana de vida tienen vómitos:
- A los dos meses, cerca del 50% de los bebés presenta un promedio de dos regurgitaciones por día (reflujos), situación considerada normal por los pediatras.
- Los recién nacidos, habitualmente, permanecen en posición de cúbito, es decir, acostados, y pasan gran parte del tiempo en brazos semi acostados, lo que condiciona una mayor regurgitación, sin constituir por eso una enfermedad.
El reflujo, por lo general, va desapareciendo conforme el niño va creciendo, además cuando está por cumplir su primer año de vida, tiende a estar más tiempo sentado que acostado y no sólo ingiere leche, sino alimentos espesos y todo esto hace que mejora esta condición.